Оцелелите въстаници правят опит да се изтеглят в планините още на 1 май 1876 г. и да преминат Стара планина, за да пресекат Дунав и да се укрият в Румъния. На 8 май от четата на Каблешков са останали едва 4-ма души. Бивакът им е нападнат изненадващо от турци и двама бунтовници са убити на място. Каблешков е заловен, а Найден Попстоянов е ранен в ръката и също пленен. Убитите са обезглавени, а главите им са взети за трофеи. Пленниците са отведени в Троян, а оттам в Ловеч. В Ловешкия затвор двамата бунтовници са подложени на мъчения. Там заварват и Захари Стоянов. На 3 юни пленниците са отведени в Търново. След разпити, на които Каблешков не признава нищо, Селями паша тръгва за Пловдив и взима със себе си бунтовниците, за да ги предаде на пловдивския съд. Даскал Попстоянов вече е полумъртъв, а Каблешков знае какво ги чака в града — още мъчения и в крайна сметка бесило. Когато керванът спира да нощува недалеч от Габрово, Каблешков се възползва от невниманието на едно заптие, отнема револвера му и се прострелва смъртоносно в главата.
Датата е 16 юни 1876 г., Каблешков е едва 25-годишен. На следващия ден габровският архиерейски наместник измолва Селями паша да му даде тялото, за да бъде погребано по християнски. Въстаникът е измит, облечен в нови дрехи и тялото му е погребано близо до гробовете на двама четници от четата на Хаджи Димитър, обесени в Габрово.
През 1883 година тленните останки на Тодор Каблешков са пренесени и погребани в двора на храм "Успение Пресветия Богородицы" в Копривщица, само на метри от родната къща на революционера, която дели един дувар с църквата. Пренасянето на тленните му останки се превръща в събитие за района, хиляди се стичат за да посрещнат костите на Апостола и да ги върнат в земята на родната Копривщица.
В историята на българските национално-освободителни борби Каблешков ще остане с прочутото кърваво писмо, което пише лично. То гласи:
Братия!
Вчера пристигна в село Неджип ага из Пловдив, който поиска да затвори няколко души заедно с мене. Като бях известен за вашето решение, станало в Оборишкото събрание, повиках няколко души юнаци и след като се въоръжихме, отправихме се към конака, който нападнахме и убихме мюдюра, с няколко заптии... Сега,когато ви пиша това писмо, знамето се развява пред конака, пушките гърмят, придружени от ека на черковните камбани, и юнаците се целуват един други по улиците!... Ако вие, братия, сте били истински патриоти и апостоли на свободата, то последвайте нашия пример и в Панагюрище...
Копривщица,20 априлий 1876 г.
Т. Каблешков
Накрая на писмото Каблешов рисува християнски кръст с кръвта на мюдюрина.
Каблешков е и най-образованият сред Апостолите. Учи в изключително престижния за времето си френски лицей „Мехтеп Султание“ в Галатасарай. Това става през есента на 1868 г. в Цариград и Каблешков има възможността да се включи в кръжока на Петко Р. Славейков, където се запознава за пръв път с някои произведения на Любен Каравелов. В лицея се запознава с други ученици българи, като сред тях са Павел Бобеков от Панагюрище и Константин Величков от Татар Пазарджик. Заедно с тях прочита един стар и окъсан екземпляр на „Горски пътник“ на Раковски, смятан тогава за „бунтовна литература“. В лицея Тодор се сблъсква с познатия му от Пловдив гърцизъм и именно след един бой с гърци той се отказва от името си Тодор (което е с гръцки произход) и настоява да се обръщат към него с българското Богдан. Проявява интерес към френската и руската литература, прави опити да пише стихове под силното влияние на Славейков. Според Владимир Свинтила именно младият Каблешков е автор на първия български превод на "Тримата Мускетари" и "Граф Монте Кристо".