Неговите идеите и пламенна му борба за запазване на парламентарната демокрация са обявени от комунистите за контрареволюционна дейност. Това става повод за снемане на депутатския му имунитет на 5 юни и внезапния му арест в сградата на Народното събрание. Освен това 23-ма депутати от опозицията са касирани, с което на практика представителството на опозицията в законодателната власт е разгромено.
На 5 август 1947 г. започва режисиран съдебен процес с измислени обвинения срещу Никола Петков за шпионаж и контрареволюционна дейност. Десет дни по-късно – на 16 август 1947 г. борецът за демокрация е осъден на смърт чрез обесване по обвинение в шпионаж.
На 23 септември 1947 г., въпреки протестите на западната общественост, смъртната присъда е изпълнена, гробът на земеделеца е неизвестен.
С неговото убийство реално се слага край на опита за демократично развитие на страната. Започва мрачното 45-годишно безвремие за България.