Проектът обаче се сблъска с множество трудности, включително налагането на американски санкции, наложени миналия декември от президента на САЩ Доналд Тръмп. Сега швейцарското дъщерно дружество на "Газпром", което стои зад проекта, разкритикува решението на германския енергиен регулатор да не освободи проекта от правилата за енергийна регулация. Според него решението е „дискриминационно“ и противоречащо на „конституционните гаранции“ на Германия.
По-рано германският регулатор реши, че "Северен поток-2" ще трябва да спазва европейските стандарти за конкуренция в съответствие с Третия енергиен пакет на ЕС, който регулира монополите в този сектор.
Според документа, представен през 2009 г., компания доставчик на газ, в случая "Газпром", не може да притежава тръбопровод. На теория това решение означава, че "Газпром" ще бъде принуден да се откаже от правата си върху половината от газопровода и да ги предостави на независими доставчици на газ в Русия.
Тръбопроводът, който трябва да бъде завършен до края на годината, ще може да доставя около 55 млрд. куб. м. газ годишно. Тъй като газопроводът е свързан изключително с нефтените находища в Русия, "Газпром" заяви, че никой друг доставчик няма да може да го използва и той ще работи само с половината от капацитета си.
Първоначално "Газпром" се надяваше да използва вратичка в европейското законодателство, която позволява на една и съща компания да контролира както самия тръбопровод, така и газта в него, стига тръбите да не преминават през земни територии. В резултат "Газпром" започна строежа на "Северен поток-2" по дъното на Балтийско море и той ще преминава през водите на Русия, Финландия, Швеция, Дания и Германия. Но през 2017 г. Европейската комисия обяви, че ще се опита да затвори тази вратичка. Две години по-късно Европейският парламент гласува успешно за включването на подобни проекти в същата регулаторна рамка, която наруши плановете на руската компания. След като на "Газпром" бе отказано освобождаването от това ново правило, сега се очаква компанията да обжалва пред Върховния съд в Дюселдорф, който вероятно ще пренасочи делото към Европейския съд.