Той ще замести на поста Борислав Борисов, който излиза в едноседмичен отпуск.

Николай Попов е назначен от финансовия министър Петър Чобанов за зам.-директор в приходната агенция, отговарящ за митническото разузнаване и разследване. Нямаше да има нищо толкова драматично в това назначение, ако около служебната биография на Попов не се въртят куп въпросителни, на които държавните органи, свързани с работата на Митниците, не се опитаха да дадат задоволителни отговори.

В петък бившият директор на контраразузнаването и зам.-председател на ДСБ ген. Атанас Атанасов обяви, че Николай Попов е с отнет допуск до класифицирана информация още от 2009 г., когато е бил на работа в системата на МВР - в столичното подразделение на ГДБОП. Той бил не само с отнет допуск, но отнемането е било потвърдено от Държавната комисия по сигурността на информацията (ДКСИ), посочи още Атанасов. Причината, според него - проверка, извършена от ДАНС, която е установила нерегламентирани връзки на Попов с лица, свързани с наркоразпространението.

В качеството си на зам.-директор на Агенция "Митници" Попов трябва да има допуск до секретна информация най-малкото заради данните, които биха подавали българските и чуждите служби, засягащи работата на митниците, особено в такива чувствителни сектори като наркотрафика, стоковата контрабанда, акцизните и ДДС-измамите.

Критична беше и оценката на бившия вътрешен министър Румен Петков, който по повод рокадите в Митниците обяви по БНР, че с назначения, като тези на Николай Попов, трудно може да бъдат пресечени контрабандата и порочните практики в агенцията. 

Изключително кратката биографична справка за Николай Попов при неговото назначение на поста зам.-директор на Митниците, качена на сайта на Министерството на финансите, се казва, че "Николай Илиев Попов е дългогодишен служител в МВР, ръководил столичното звено за борба с организираната престъпност. Има опит в противодействието и предотвратяването на престъпления, свързани с трафика на хора, контрабандата на акцизни стоки и наркотични вещества и др. Владее английски, италиански и руски език, ползва испански, полски и сърбохърватски. Семеен e, с две деца".

Справката обаче е до 2009 г., след която е подаден доклад, лишаващ го от достъпа до класифицирана информация. Неофициални източници от Митниците твърдят, че в този период той е бил съветник в централата на БСП по въпросите на националната сигурност. Според други източници малко преди назначението си за зам.-директор на митниците той е бил съветник на финансовия министър Петър Чобанов, пише Mediapool.