През 1895 завършва право в Софийския университет, а през 1897-1898 специализира в Германия. След завръщането си в България е адвокат във Враца, а от 1923 – в София. Той се включва и в организирането на Българската работническа социалдемократическа партия, като от 1909 е член на нейния Централен комитет, а от 1911 до 1927 е народен представител. След Солунското примирие участва като вътрешен министър в широката коалиция, начело с Теодор Теодоров (1919).
През 1935, след Деветнадесетомайския преврат, Пастухов публикува отворено писмо до цар Борис III, призоваващо за възстановяване на Търновската конституция, след което е интерниран за известно време на остров Света Анастасия. Той се противопоставя и на образуването на прокомунистическия Отечествен фронт. През август 1944 е сред инициаторите на подписването на Манифеста на 13-те, съдържащ искания за промяна на външнополитическия курс и възстановяване на конституцията. След Деветосептемврийския преврат през 1944 отказва да сътрудничи на просъветското правителство и след разцепването на БРСДП (ш.с.) през 1945 влиза в ръководството на опозиционната Българска работническа социалдемократическа партия (обединена).
Четири дни преди
изборите от 27 октомври 1946 година Пастухов е лишен от правителството от
граждански и политически права, за да не може да участва в избора срещу
комунистическия лидер Георги Димитров, но въпреки това той получава 18 хиляди
гласа.
Заради статиите си
"Не ме изкушавайте, лицемери" и "Нашата войска",
публикувани във в. "Свободен народ", през 1946 e осъден на пет
години затвор за „антинародна дейност“. Обявява се против започнатата Културна
автономия на Пиринска Македония – най-зловещото престъпление на българските комунисти.
Кръстю Пастухов умира на 25 август 1949 в Сливенския затвор. Според неофициални сведения е удушен от криминалния престъпник Антон Попантонов по заповед на тогавашния министър на вътрешните работи Антон Югов. Реабилитиран е през януари 1990 г., а името му се превърнало в морален символ на социалдемокрацията и до днес смущава съня на мимикриращите комунисти.
Още от България
Опозицията поиска отговори за "История.БГ", Украйна и службите - властта отхвърли всички предложения
Депутатите не допуснаха до дневния ред темите за „История.бг“, евентуална украинска намеса и действията на службите
Веселин Стойнев: Беше грозно Радев да коментира казуса "Петрохан" на първия учебен ден
Сега действащият президент Йотова носи политическа отговорност за помилването на Огнян Атанасов, тя трябва да отговаря за решението си пред обществото
Промените в контрола по пътищата: Една институция да прави проверките на място
Гл. инспектор Пламен Николов, началник на сектор "Пътна полиция" към ОД на МВР-Бургас не коментира дали "Пътна полиция" разполага с необходимата техника, за да поеме всички проверки, които в момента се извършват от различни институции