Много природозащитни организации изразяват своите тревоги от нахлуване на ГМО култури, след като търговското споразумение между Съединените щати и Европейския съюз стане факт.

Опасенията на правителствата са трудностите при прилагането на законодателството. Забрана на ГМО в храните, в случай, че бъде приета от една държава-членка, би била само върху употребата ѝ, но не ѝ върху вноса ѝ.

Заради правилата на общия пазар тези продукти или храни не биха могли да бъдат спирани на националните граници. До момента нито една държава членка не изглежда да подкрепя плана, който би дал на националните правителства възможността да забраняват употребата на ГМО във храните, въпреки че той вече е одобрен на европейско ниво.

Според полски депутат това предложение прехвърля цялата тежест върху държавите членки да решават, но предоставя инструментите за прилагане, без да бъдат нарушени правилата на единния пазар.