Управлението на националните паркове не е ефективно и създава риск за съхранението на биологичното разнообразие в тях. Това е записано в доклада от проверката на Сметната палата за периода от 01.01.2010 г. до 31.12.2012 г.

Според одитната институция в нито един от националните паркове не е спазено нормативно определеното изискване за максимално допустима площ на охранителните участъци, която е 1500 хектара. Средната площ на един охранителен участък надвишава нормативно определената. Най-голяма е тя в парка "Централен Балкан" - възлиза на 1835 хектара, което е с 18% повече от норматива. Създадената организация по планиране, кадрово осигуряване, документиране и отчитане на охранителната дейност не гарантира постоянна защита и максимално покритие на споменатите участъци в случаите, когато площта им надвишава определената.

Значителен е броят на прекратените наказателни преписки. Наложените административни санкции нямат възпиращ ефект върху потенциалните нарушители, констатират от Сметната палата.

Промените в териториите на националните паркове слез 1999 г. са само в посока намаляване на площта им и това води до нарастване на риска за биологичното разнообразие в страната. Най-голямо е това намаление при националния парк "Рила" - 24,9 % от квадратурата му. Предприетите действия от органите за управление на националните паркове не са своевременни. Липсват актуализирани планове за управление в парковете "Рила" и "Централен Балкан"например. Липсва и финансова оценка за цялостното изпълнение на плановете.