За чудесата на св. Иван Рилски - изцеления на болни, лекуването на безплодие и необяснимите случки, има десетки истории. Обяснима е неспирната върволица от молещи се пред иконите и мощите на Рилския отшелник. Защото светият закрилник на България не отказва небесна помощ на благочестивите и вярващите.

Достатъчно е да се вслушаме в разказите на поклонниците. Някои от тях са съхранени във вече издадени, а после и преиздадени книги.

Такива случаи на чудотворство има много, но не само за помощ, но и за наказание. Като пример за това архимандрит Серафим Алексиев описва два случая.

"След Първата световна война офицер атеист отишъл в Рилския манастир и обругал светините. Пред молещите се християни дори вдигнал крак и ритнал светите мощи. Скастрил и монаха докога църквата ще заблуждава народа. После се качил на файтона и потеглил към с. Рила. Св. Иван не закъснял да го накаже. На един завой файтонът полетял към пропастта. Долу конят изпръхтял и се изправил невредим. Здрав бил и ординарецът. Само офицерът лежал неподвижен.

Кракът, ритнал мощите на светеца, бил счупен. Св. Иван наказал тялото, за да вразуми душата", обяснява поклонник на вярата в Рилския манастир и разказва втория случай, при който светият отшелник помага на благочестивите.

"Селянин от Самоковско гаснел по 3-годишното си момче, което не можело да ходи. Крачетата му били като гума и то все лежало в креватчето, подпряно с възглавнички да не се катурне. При какви ли не лекари го водил, какви ли не лекарства му давал, но нищо не помагало. В отчаяние дори бащата стигал до скверната мисъл детето му да си отиде от този свят, за да не се мъчи. Близък обаче го съветва да отидат в Рилския манастир св. Иван да го излекува. Отиват навръх Великден и слагат детето в черга между възглавнички до ковчега с мощите на светеца. След службата богомолците се разотиват, монах гаси свещите, а майката ридае, виждайки, че помощ и тук няма. Тъжна гледка. По едно време обаче детето протяга ръчички и се хваща за покривката над мощите. Опитва да се вдигне, но пада. Майката още по-силно плаче, но и по-силно взе да се моли. Детето прави втори опит да се изправи на крака. И успява, опряло се до ковчега с мощите. Хващат го за ръчичките и то тръгва по мраморния под на църквата. Така детето прохожда и от него ден повече не се е залежало. Минали години, то израснало нормално и здраво."

Светецът спасява от гибелен пожар и самия манастир, сочат хрониките. Съхранява го със своя богоугоден живот. Когато България е била под турско иго, манастирът често е нападан от разбойници, които са грабели и безчинствали. Веднъж такава банда дошла да го разруши напълно. Планът предвиждал да пренощуват в обителта, а сутринта да я ограбят и опожарят. През нощта обаче св. Иван се явил, но не насън, а наяве на главатаря и го заплашил с игуменският си жезъл, символ на духовната власт, че ако направи зло, ще бъде наказан много лошо. Светията излязъл през прозореца в стаята на главатаря, който изпитал неописуем страх. Той потърсил своите телохранители, за да разбере кой е влизал при него, но останало загадка. После накарал игумена да събере всички монаси, за да разпознае кой от тях го е заплашвал, но не го открил. Едва след като видял иконата на св. Иван, главатарят на разбойниците разпознал кой дошъл през нощта в стаята му.

Игуменът го завел пред ковчега на св. Иван и му показал кой го е заплашвал. Тогава със страхопочитание турчинът наредил на подчинените си да напуснат манастира, а на игумена казал: "Той е тук, нищо лошо няма да се случи на манастира".

Св. Иван е вършил и други чудеса и именно заради това турците са го почитали като малък пророк Турските султани издавали фермани, които защитавали правата на манастира. Запазена е една от заповедите, издадени от цар Иван Шишман през 1378 г. Тя е най-старият нотариален акт на манастира, а тези права са признавани и от турските султани, защитавани са били с фермани, а султаните се разпореждали на местната турска власт да пази манастира от посегателства. Монасите от манастира са се движели в турската империя като свободни граждани. Свободно са можели да отидат и при султана. Запазени турски документи потвърждават, че турската власт е зачитала правата на манастира. Турците са имали страхопочитание от св. Иван, защото са виждали неговите чудеса, разказват монасите.

Имало много хора, които не са ходили в манастира, но в съновидения били посещавани от светеца в тежки моменти, а после го разпознавали на иконата, идвайки в манастира. Разказвали, че са получили помощ от светеца. Един от игумените на обителта - архимандрит Климент, успял да запише над 400 чудеса на изцеление на основателя и патрона на манастира и двете икони.