За да заеме поста зам.-министър, отговарящ за енергетиката, Божан Стоянов се завърна от САЩ, където работеше като финансист и консултант. А при обявяването на правителството президентът Росен Плевнелиев заяви, че всички в него са минали проверка и за никого от тях не е установена принадлежност към ДС.

Комисията по досиетата посочва обаче, че Божан Стоянов е бил вербуван през юни 1988 г., когато е бил 25-годишен. Водил се е като агент Младенов и е сътрудничил в структурите на Софийско градско управление на МВР и V Районно управление на ДС. Той не е бил снет на отчет и след 1989 г. Комисията разполага с данни в наличните документи, удостоверяващи принадлежност на Божан Стефанов Стоянов към органите и след 10 ноември 1989 г.

Във тази връзка от Министерството на икономиката, енергетиката и туризма разпространиха съобщение, в което се посочва, че Божан Стоянов разполага с писмо от 22 август 2008 г. от същата Комисия за разкриване на документите и за обявяване на принадлежност на български граждани към Държавна сигурност и разузнавателните служби на Българската народна армия, председателствана отново от Евтим Костадинов, че няма данни да е бил "щатен, нещатен служител, секретен сътрудник на бившите Държавна сигурност и разузнавателните служби на Българската народна армия".

Ведомството е поискало от комисията да изясни въпроса с разминаването на информацията.