Дни преди трагичния ден войводата е знаел, че ВМОРО му е издала смъртна присъда и казвал: "Аз съм обречен, кога да е ще ме убият. Няма смисъл да се пазя."

Повод за острата конфронтация с революционната организация става проведената от ВМОРО на 20 март 1915 година Валандовската акция, насочена срещу сръбската администрация във Вардарска Македония. Яне твърди, че подобни действия провокират Сърбия и България към война. Сандански открито се противопоставя и на подновяването на четническата дейност, понеже смята, че това дава оправдание на сърби и гърци да избиват или изгонят най-активните лидери на българската общност. Враждуващите македонски революционери се разделят на два лагера.

На 21 април 1915 г. Сандански тръгва от Роженския манастир, където живее, за Неврокоп. Преспива в родното си село Влахи. На сутринта продължава сам. Движи се без охрана. Засадата го чака в местността "Блатата", където срещу него се стреля. Сандански пада от коня и си счупва крака, но продължава престрелката. Нападателите са 7-8 души, въоръжени с пушки. Те са от районната неврокопска чета на ВМОРО, като един от тях го заобикаля в гръб и го застрелва.

Смята се, че покушението е организирано от Стоян Филипов, а за физически убиец се сочи Андон Качарков. Съдът обаче ги оправдава поради липса на доказателства. Трупа му намират керванджии. На около 200 м източно от Роженския манастир е църквата “Св. Св. Кирил и Методий”, построена през 1914 г. Неин ктитор е самият Яне Сандански. Сега там се намира и неговият гроб. На надгробната мраморна плоча се четат думите му:

"Да живееш, значи да се бориш. Робът — за свобода, а свободният — за съвършенство."