Главният секретар на МВР се назначава от Министерския съвет по предложение на министъра на вътрешните работи за срок пет години. Това реши парламентът при приемане на второ четене на текстове от Закона за МВР. Досега главният секретар се назначаваше от президента по предложение на правителството.

При осъществяване на своите правомощия главният секретар може да се подпомага от заместник, който се назначава от министъра. Главният секретар и заместникът му трябва да отговарят на изискванията за постъпване на държавна служба в МВР и да притежават не по-малко от 7-годишен професионален стаж в службите за сигурност или в службите за обществен ред, от които поне една трета на ръководна длъжност.

Главният секретар ръководи пряко планирането, организирането и контрола на основните дейности на МВР; организира взаимодействието между отделните структури при извършване на основните дейности; организира взаимодействието на МВР с други държавни органи и организации при изпълнението на основните дейности. Главният секретар е пряко подчинен на министъра на вътрешните работи и се отчита за дейността си пред него.

Според опозицията промените в изискванията за назначаване на главен секретар са отстъпление от постигнатото досега. Веселин Вучков /ГЕРБ/ посочи, че измененията са непрофесионални и вредни. Залагате изключително нисък праг на професионални изисквания, не може човек със седем години професионален стаж да управлява такава система, каза той и добави, че предлагат минималния стаж да е поне 12 години. ГЕРБ настояват и да остане сега действащото правило главният секретар да се предлага от правителството и да се назначава с указ на президента. Това позволява балансиране на институциите, обясни Вучков. Депутатът предложи да се предвиди възможност главният секретар да бъде освобождаван предсрочно от длъжност при системно неизпълнение на служебните си задължения. Предложенията на ГЕРБ бяха отхвърлени.