На 17 юли 2013 културният министърът е  назначил одит на музея във връзка с финансирането и управлението на публичните средства, тяхното законосъобразно разходване, както и дейностите по съхранение и опазване на активите на културния институт.

Одитният доклад констатира тежки нарушения при възлагане на обществените поръчки и извършване на ремонтно-строителни работи в бившия Царски дворец, в „Музей на социалистическото изкуство" и Софийски арсенал „Музей на съвременното изкуство" (САМСИ).

Като особено драстични могат да бъдат окачествени нарушенията, свързани с отчитане на несъществуващи обеми и размери на извършени дейности, неизпълнение на предвидени проектни решения, нарушаващи изискванията и статута на програмите на ОПРР, както и изготвянето на отчетна документация, която не кореспондира с реално вложените средства и материали (климатична система с подменени и неверни технически характеристики в „Музей на социалистическото изкуство").

От одитния доклад още е видно, че в Музея на социалистическото изкуство и в Софийския арсенал липсват издадени протоколи - „Разрешение за ползване" по реда на Закона за устройство на територията, а възлови агрегати от проекта САМСИ (панорамен асансьор, слънчеви колектори, фотоволтаични панели) липсват, заменени от строителни дейности, разминаващи се по своите обеми и финансово изражение с проектното решение.

Предвид констатираните нарушения, днес министър Петър Стоянович уволни дисциплинарно директора на НМБИИ г-жа Славка Иванова, а материалите от одита са предадени в Прокуратурата.