Срещу Цонев се водеха общо четири дела - три в цивилен и едно във военен съд. По три от  делата присъдата е "невинен". 

Прокуратурата твърдеше, че Цонев е извършил престъпление по служба като е нарушил служебните си задължения и е закупил ненужна машина за производство на хангари. От това според прокуратурата са настъпили имуществени вреди за над 8 млн. лева.

На първите две инстанции СГС и САС определиха тезата на държавното обвинение като несъстоятелна. ВКС подчертава в решението си, че дори и в касационния протест на прокуратурата се излагат съображения, които нямат връзка с обвинителния акт.

Преди година ВКС оправда Николай Цонев и по други две дела, които се водеха срещу него - за неправомерно увеличение на капитала на военния завод "Терем" и за нарушения на Закона за обществени поръчки, докато е бил шеф на дирекция "Управление на доставките" във военното министерство.

Висящо към момента е единствено делото за подкуп срещу Цонев, по което той е подсъдим заедно с Петър Сантиров и Тенчо Попов. По него всички подсъдими са оправдани на първа инстанция от Софийския градски съд, който откри и фрапиращи нарушения на прокуратурата. Оказа се, че СРС-тата по делото са използвани в нарушение на закона.

При ареста си Цонев бе наречен от прокурор Роман Василев "абсолютен престъпник". На 20 май 2010 година пък ВСС наказа с порицание Василев заради поведението му. Цонев от своя страна подаде жалба в Страсбург.