Едно от първите неща, които БКП предприема след като на 10 ноември 1989 г.  Тодор Живков е свален от власт, е да разформирова Шесто управление на ДС за борба срещу идеологическата диверсия. В годините на тоталитарно управление то  придобива мрачната слава на структурата в ДС, преследваща представители на различни сфери в обществото, като част от тях много често са обявявани за "врагове на народа и новата власт".

Шесто управление на ДС е разформировано с решение на Колегиума на МВР-ДС от 13 декември 1989 г., протокол от което desebg.com публикува. Документът е включен в сборника „Държавна сигурност и краят на тоталитаризма”, издание на Комисията по досиетата, 2011 година.

Първоначално ръководството на МВР-ДС изобщо няма такова намерение, но на тайната среща на 25 ноември 1989 г. между Петър Младенов и ръководния състав на министерството новият генерален секретар на БКП призовава да се действа „по-смело“ и да се закрие управлението, като се мотивира това да се направи преди да се е увеличил уличния натиск.

За закриването на идеологическото управление на ДС противниците на режима са призовали на първия свободен митинг в София на 18 ноември 1989 г.

Разбира се, Младенов успокоява генералите от МВР-ДС, че „ние никого няма да изгоним“ и служителите от Шесто управление ще бъдат преназначени на друго място на работа в системата.

Така и става – голям процент от тях са назначени през февруари 1990 г. в новосъздадената контраразузнавателна структура – Национална служба за защита на конституцията (копирана е същото название в КГБ), създадена на мястото на Второ главно управление на ДС.

Също така немалък брой оперативни работници от Шесто управление на ДС са назначени в новообразуваната Централна служба за борба с организираната престъпност (днес Главна дирекция „Борба с организираната престъпност“).

През декември 1989 г. започва и процес на прочистване на МВР-ДС от ръководните кадри, издигани по времето на Тодор Живков.

Първи се пенсионира първият зам.-министър на вътрешните работи и смятан десетилетия наред за „дясната ръка“ на Живков в МВР и ДС – ген. Григор Шопов.

Заедно с него е освободен и последният началник на Шесто управление на ДС ген. Антон Мусаков, но докладът за него е изпратен на Секретариата на ЦК на БКП с предложение да бъде оставен на разпореждане на ръководството на МВР.

Голямото съкращение в системата на МВР-ДС обаче се случва януари-февруари 1990 г. когато БКП е принудена да извърши чистка в раздутия щат на ДС, а тон на съкращенията и пенсионирането на генералите на Живков дава новоназначения министър на вътрешните работи ген. Атанас Семерджиев, подкрепян от първия зам.-министър ген. Любен Гоцев.