Досега ръководител на службата беше главният прокурор - пряко или чрез директора, който е и заместник на главния прокурор по разследването.
Директорът на НСлС ще назначава следователите и ще осъществява административно-организационното и методическо ръководство на структурата. Предложения за кандидатури за директор на НСлС могат да правят не по-малко от трима от членовете на Висшия съдебен съвет, както и министърът на правосъдието, прие парламентът.
Създават се окръжни следствени служби към всеки областен административен център, а за София – и следствена служба „София-град“.
Предложенията за отделяне на следствието от прокуратурата са направени от Петър Петров от „Възраждане“ между първо и второ четене, но правната комисия не ги е разгледала, тъй като са били част от отхвърлен на първо гласуване законопроект.
Все пак днес мнозинството прие те да бъдат разгледани в пленарната зала и бяха приети след редакции.
Бойко Рашков от „Продължаваме промяната-Демократична България“ припомни, че сливането на следствените органи с прокуратурата е станало през 2009 г. С това направихме следствено-прокурорска съветска система, която за около 14 години, като резултат, не показа, че е било добре решение. Затова се налага да се върнем към старо решение, с него се спазва принципът на независимостта, подчерта той.