И патриарх Даниил продължава срамната традиция в БПЦ да крие агентите на тоталитарните репресивни служби, облечени в расо от Комисията по досиетата. На 11 ноември 2024 година Комисията, председателствана от Евтим Костадинов е изпратила специално писмо до патриарха и Св. синод да им предоставят за проверка по Закона за досиетата информация за висшия клир на Църквата, енорийските свещеници и игумените на манастирите в страната. Това съобщиха за Faktor.bg от институцията. По закон информацията трябва да бъде предадена в срок от един месец или да се поиска официално удължаване на срока. Но вече трети месец от патриаршията мълчат по темата и пазят агентите. До сега Комисията е изпратил на БПЦ 12 писма, като първото е заведено още  на 4 ноември 2011 година.

Според проф. Дилян Николчев БПЦ е единствената институция в страната, която отказва демонстративно да спазва законите и не желае да бъдат проверени агентите на ДС в нейните редици, но въпреки това е на държавни субсидии.

Поведението на Даниил съвсем не е изненада – той е своеобразен продукт на ДС – биологичният му баща е висш офицер от структурите на ПГУ, завършил кариерата си като шеф на НМ – Смолян, а духовният му баща е неврокопският владика Натанаил, агент на ДС и съпричастен към ПГУ.