По ирония на съдбата Яне Сандански пада убит на 22 април 1915 година не от турски, гръцки или сръбски куршум, а от български куршум. Дни преди трагичния ден войводата е знаел, че ВМОРО му е издала смъртна присъда заради предателството към македонските идеи. "Аз съм обречен, кога да е ще ме убият. Няма смисъл да се пазя."

Трагичния край на митологизирания Яне Сандански е в известна степен свързан със съдбата на ВМРО, която преминава през много драматичен период в началото на миналия век. Немалка част от страданията на организацията са причинени от нахълталите в нея тесни социалисти, непосредствено след погрома на Илинденско-Преображенското въстание, които получават специално указание от Д. Благоев "да внасят повече социалистически елементи" в теорията и практиката на организацията, пише в своите мемоари проф. Атанас Попов, наследник на славен македонски род. Така се очертават съвсем ясно двете крила в организацията - дясно и ляво Борбата между тях започва след смъртта на Гоце Делчев и Даме Груев, но най-ярко тя се проявява след Рилския конгрес през 1905 г., когато започват безпощадните взаимни обвинения между Яне Сандански и Борис Сарафов. При двубоя между двамата става ясно, че въпреки решението на Солунския конгрес за обявяване на Илинденското въстание, Сандански проявява своето предателство, като не предприема нищо в Серския окръг и преждевременно се прибира в България. ”Не въстанах, понеже бях противник на въстанието”, признава водачът на левицата, който, заедно с марксиста Димо Хаджидимов, след две години поставя началото на разкола и братоубийствата във ВМРО. ”Левите бяха фанатици – пише Христо Силянов - и гледаха на другарите си отдясно и на нещата изобщо през наочниците на фанатизма“ (10. ,с.46). Осъдителното и престъпното в тяхната дейност започва, когато в споровете за принципи и за тактики се туря в действие и оръжието. Личната омраза и честолюбие, взаимните подозрения и самообвинения са една от основните причини, която задълбочава разкола и взаимната непоносима омраза между двете идейни течения във ВМРО. Но някои от съвременните фалшификатори на миналото на ВМРО отминават тези кървави страници от нейната история.

Проява на  острата конфронтация в революционната организация е и проведената от ВМОРО на 20 март 1915 година Валандовската акция, насочена срещу сръбската администрация във Вардарска Македония. Яне твърди, че подобни действия провокират Сърбия и България към война. Сандански открито се противопоставя и на подновяването на четническата дейност, понеже смята, че това дава оправдание на сърби и гърци да избиват или изгонят най-активните лидери на българската общност. Враждуващите македонски революционери се разделят на два лагера.

На 21 април 1915 г. Сандански тръгва от Роженския манастир, където живее, за Неврокоп. Преспива в родното си село Влахи. На сутринта продължава сам. Движи се без охрана. Засадата го чака в местността "Блатата", където срещу него се стреля. Сандански пада от коня и си счупва крака, но продължава престрелката. Нападателите са 7-8 души, въоръжени с пушки. Те са от районната неврокопска чета на ВМОРО, като един от тях го заобикаля в гръб и го застрелва.

Смята се, че покушението е организирано от Стоян Филипов, а за физически убиец се сочи Андон Качарков. Съдът обаче ги оправдава поради липса на доказателства. Трупа му намират керванджии на около 200 м източно от Роженския манастир, до църквата “Св. Св. Кирил и Методий”, построена през 1914 г. Неин ктитор е самият Яне Сандански. Сега там се намира и неговият гроб, където на надгробната му плоча се четат думите му:

"Да живееш, значи да се бориш. Робът — за свобода, а свободният — за съвършенство."