На 6 септември 1948 г. комунистическата власт в България посяга на независимостта на Православната църква и реално я подчинява в продължение на няколко десетилетия на партийната воля.

Под натиска на комунистическото правителство екзарх Стефан I Български подава оставка. Духовникът е неприемлив за червената власт, защото се противопоставя на участието на свещениците в политическия живот в страната и намесата на една партия в духовните дела. Поради откритото си несъгласие с политиката на комунистическата власт в Народна република България към Българската православна църква и нейното отношение към религията, екзарх Стефан е обявен за враг и подложен на неоснователни обвинения и нападки от водачи на БКП, които изпълняват волята на Москва за налагане на атеизъм и прекъсване на връзката на народа с православието. Реално след свалянето на Стефан БПЦ се управлява от Държавна сигурност и ЦК на БКП, които взимат реално важните решения за избор на митрополити и висши духовници.

Атаките на комунистите към екзарх Стефан не спират само до тук. На 24 ноември 1948 г. той е интерниран в село Баня, Карловско, където умира през 1957 г. Погребан е в катедралната църква „Успение Богородично“ на Бачковския манастир, а години наред името му бе забравено.

Стефан е ръкоположен за Маркианополски епископ през 1921 г., а през 1922 г. е избран за Софийски митрополит. В качеството си на Софийски митрополит той отслужва заупокойната молитва в църквата Света Неделя на 16 април 1925 г., когато е извършен Атентата в Света Неделя.

На този пост служи 26 години. Между двете световни войни и участва активно в икуменическото движение и представлява Българската православна църква на множество международни конференции. Работи за снемане на схизмата, наложена през 1872 г. на Българската екзархия. През 1943 г. активно участва в движението за спасяването на българските евреи. От 1944 до 1945 г. е наместник-председател на Светия Синод. На 21 януари 1945 г. е избран за български екзарх, а на 22 февруари същата година е вдигната схизмата на Българската православна църква.

Интересът към живота и делото на екзарх Стефан I започва да се възражда през 90-те години на 20 век в резултат на започналите в България демократични промени. Името на екзарх Стефан I нашумя във връзка с честванията по повод спасяването на българските евреи по време на Втората световна война. На своя сесия, проведена на 19 ноември 2001 г. израелският мемориален институт “Яд Вашем” го удостоява с почетна грамота, медал и званието “Праведник на света” за неговия принос за спасяването на българските евреи през 1943 г. “Името му ще бъде вписано завинаги върху Почетната стена в Алеята на праведните” в Йерусалим – се казва в грамотата, издадена на 12 март 2002 г.